Direi la terza, ma... con un sacco di ma.
Per me non ha senso volerla differenziare dalla 2, perché non vedo quelle differenze che invece si possono notare tra la S1 e queste. Concettualmente le vedo più quasi come una stagione sola.
La struttura degli episodi è la stessa dalla 2, questa 3za ha di interessante mostrare i personaggi con un carattere più maturo. Dash viene mostrata come una ragazza molto decisa, meno insicura e bisognosa di continua adorazione per i suoi successi (Wonderbolt Academy mostra una maturità che in Mare-Do-Well non ha). Fluttershy ha davvero imparato ad essere ferma, senza diventare violenta. Si vede che le ragazze sono maturate e hanno una identità più forte e sviluppata rispetto alla S1.
Il solo difetto è la durata dimezzata, che fa sentire il peso di episodi leggeri o alcuni imperfetti (Wonderbolt Academy; Spike at your Service), quando nella S2 c'erano più puntate e il peso di quelli meno riusciti era stemperato in mezzo a più trame. Ma gli episodi che ci sono li ho trovati all'altezza dei precedenti.
Il voto va alla terza perché ti fa capire come si sono sviluppati i personaggi, ma allo stesso tempo non ha senso per me separarla dalla 2 essendone il suo seguito. E' come voler giudicare un libro parlando solo del primo o dell'ultimo capitolo e ignorare il resto.