Io l'ho considerato risolto nella S2 proprio in Secret of My Excess.
Io presi quell'episodio proprio come qualcosa che ha chiuso quella parentesi...
Infatti dopo quell'episodio Spike smette di fluttuare dietro di Rarity, avere gli occhi a cuore o in generale, dire che le piace.
Mantiene indubbiamente una certa differenza nel modo di comportarsi con lei, ma mi è sempre parsa più leggera delle prime 2 stagioni.
In Spike at Your Service è ansioso di sapere che ne pensa della torta da lui cucinata, cosa che assai probabilmente non sarebbe successa con un'altra delle mane, continua a portarle i bagagli o ad assisterla quando cerca gemme nelle grotte, cosa che farebbe solo con Twilight.
In Simple Ways Spike non è affatto irritato da Trenderhoof, si limita a lanciare un'occhiata allo schermo quando Rarity parla dell'amare qualcuno che ama qualcun altro.
Gli unici 2 casi leggermente più grossi sarebbero Honest Apple in cui arrossisce nell'aiutare Rarity e nel film, in cui prima la saluta imbarazzato e poi lancia un'occhiataccia a Capper quando si mostra cortese nei suoi confronti.
Ma nel caso del film questo è stato fatto unicamente perché è stato scritto per chi non conosce la serie.
Faust disse che la cotta iniziale serviva a far capire agli spettatori che Rarity era una pony più bella degli standard, e perciò dovendo parlare a un pubblico nuovo la cosa è stata ripetuta, senza però far regredire troppo il personaggio.
Per il caso di Honest Apple penso che sia semplicemente questione dello sceneggiatore, a cui magari era sfuggita questa sfumatura (che in effetti non è mai stata nominata in maniera pesante).
In Party of One, nella prima stagione, Spike dice "Twilight pensa che non abbia possibilità con Rarity, ma lei che ne sa?". Io penso che in Secret of My Excess abbia realizzato anche lui questa cosa, decidendo comunque di restarle vicino.
Dubito fortemente avrà mai altra rilevanza